Le mont Nebo est l’un des sites sacrés les plus vénérés de Jordanie et le lieu où Moïse a été enterré. Les premiers chrétiens y ont construit une petite église byzantine, qui a été agrandie pour devenir un vaste complexe. Lors de sa visite en Jordanie en 2000, le défunt pape Jean-Paul II a tenu ici un sermon auquel ont assisté quelque 20 000 fidèles.
Au IVe siècle de notre ère, un sanctuaire, mentionné par la nonne pèlerine Egérie, a été construit sur le mont Nebo (Fasaliyyeh en arabe) pour honorer Moïse, probablement sur le site d’une structure encore plus ancienne. L’église a été achevée en 394 après J.-C. et comportait trois absides orientales flanquées de chapelles funéraires sur les côtés nord et sud.
Au VIe siècle, l’église a été agrandie et transformée en basilique avec une sacristie et un nouveau baptistère (dont les mosaïques de sol subsistantes datent de 530 environ). L’église est bientôt le cœur d’un grand monastère et d’un centre de pèlerinage qui va prospérer pendant près de six siècles.
Le site a été abandonné en 1564 et est resté en grande partie négligé pendant plusieurs siècles. Finalement, en 1993, le site a été acheté par les Franciscains, qui l’ont fouillé et restauré.